El Grupo de Gestión Presupuestal centra su misionalidad en dos actividades centrales. La primera relacionada con los procesos de planeación, programación y seguimiento presupuestal del ministerio, lo cual incluye la cadena de actividades desde la preparación y consolidación del anteproyecto de presupuesto hasta la ejecución de la apropiación asignada al ministerio y las entidades del sector. La segunda actividad central se relaciona con el acompañamiento técnico para la programación y ejecución de recursos del Impuesto Nacional al Consumo y la formulación y viabilización de proyectos de inversión a financiarse con recursos del Sistema General de Regalías y el Mecanismo de Obras por Impuestos.